Le principe du concours consiste à juger des jeunes de 16 à 25 ans (élèves de l'enseignement agricole, ou jeunes agriculteurs récemment installés), sur leur aptitude au pointage et à l'appréciation morphologique des animaux reproducteurs (bovins, ovins, caprins, équins). Contrairement à de nombreux concours organisés dans le cadre du CGA, on récompense ici des hommes, et non des produits ou des animaux.
L'épreuve classique du CJAJ est le trophée du meilleur pointeur (TMP), où chaque élève pointe deux races à orientation bien distincte d'une même espèce (par exemple bovins viande et bovins lait, race lourde et race rustique chez les ovins, etc...). C'est donc une épreuve où on favorise la polyvalence du jeune. Cette épreuve est organisée sur les quatre espèces, un candidat ne pouvant concourir que pour une espèce.
Depuis 1996, et dans l'espèce bovine seulement, certaines races parmi les plus importantes organisent un trophée du meilleur pointeur de race (TMPR), où le pointage porte sur une seule race, et favorise donc les jeunes plus spécialisés. En 2008, les UPRA bovines suivantes organiseront un TMPR : Monbéliarde, Normande, Prim’Holstein, Blonde d'Aquitaine, Charolaise, Limousine, Rouge des prés.
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